- Des groupes de travail ouverts à l’ensemble des membres existent au sein de chaque GCO. C’est au cours de longues et fructueuses discussions que naîtra finalement une idée porteuse, originale. Dans le dossier qu’il soumet pour l’évaluation éthique de son projet, le groupe de travail doit préciser clairement le type d’essai en cause (et, s’il y a lieu, la phase de l’essai) ainsi que les risques prévisibles et les bénéfices potentiels pour les participants. Il doit aussi y indiquer la façon dont ces renseignements seront communiqués clairement aux participants pendant le processus de consentement.
La rédaction du protocole de chaque étude est réalisée par un comité de rédaction constitué à l’initiative du groupe coopérateur selon les formats usuels et les recommandations des agences réglementaires ou autres entités publiques susceptibles de participer aux financements. Ce comité peut interagir avec les représentants du ou des partenaires industriels du projet et il est responsable en dernière instance de la version finale. Le protocole fait en général une centaine de pages, et a fait l’objet avant sa finalisation de nombreuses relectures par des personnes ayant des expertises différentes : médicales, logistiques, biostatistiques.
La validation finale du protocole est réalisée par un Conseil Scientifique propre à chaque GCO. Il existe au sein de chaque groupe des procédures garantissant l'indépendance des membres du Conseil Scientifique, la transparence et la gestion des liens d'intérêts.